カードはスリーブのままでも大丈夫ですか? ファイルから抜かなければいけませんか?

スリーブのままでも問題ありません。
スリーブに入っていることによって買取金額が下がることもありません。

また、ストレージボックスやファイルなどに入ったままでも問題ありません。